ما هو ملف بنك بيانات البروتين (PDB)؟ كيفية فتحه وعرضه في Windows 11؟

ملف بنك بيانات البروتين (PDB) هو تنسيق ملف يستخدم لتخزين البيانات البيولوجية ثلاثية الأبعاد. تُستخدم ملفات PDB بشكل شائع لتخزين البيانات عن البروتينات والأحماض النووية والجزيئات الحيوية الأخرى. يمكن عرض ملفات PDB بعدة طرق ، بما في ذلك من خلال برامج مثل PyMOL و VMD. في Windows 11 ، يمكنك فتح ملف PDB بالانتقال إلى File Explorer ، والنقر فوق علامة التبويب عرض ، ثم تحديد خيار إظهار الملفات والمجلدات المخفية. بمجرد القيام بذلك ، يجب أن تكون قادرًا على تحديد موقع ملف PDB الذي ترغب في عرضه. تعد ملفات PDB أداة مهمة للعلماء الذين يعملون مع الجزيئات الحيوية ، لأنها تسمح بتصور وتحليل البيانات في ثلاثة أبعاد. وبالتالي فإن فهم كيفية فتح ملفات PDB وعرضها يعد مهارة مهمة لأي شخص يعمل في مجال المعلوماتية الحيوية أو علم الأحياء الحسابي.

ملفات بنك بيانات البروتين (PDB) هي ملفات جزيئية ثلاثية الأبعاد تخزن الهياكل الجزيئية. الآن ، إذا كنت تتساءل عن كيفية فتح مثل هذه الملفات على جهاز الكمبيوتر ، فإن هذا المنشور سوف يثير اهتمامك. سنناقش هنا ملفات PDB بالتفصيل وكيفية عرض هذه الملفات في Windows 11/10. لذلك ، دون مزيد من اللغط ، دعنا نتحقق من ذلك!

ما هو ملف بنك بيانات البروتين (PDB)؟

بنك بيانات البروتين (PDB) هي قاعدة بيانات للبيانات الهيكلية ثلاثية الأبعاد للبروتينات والأحماض النووية والجزيئات الكبيرة الأخرى. ملف من الناتج المحلي الإجمالي امتداد الملف هو في الأساس ملف يحتوي على بيانات تتعلق ببنية جزيء بيولوجي ثلاثي الأبعاد. تتضمن البيانات الإحداثيات الذرية ، والتركيبات الذرية ، والاتصال الذري ، وبنية البروتين ، وهيكل الحمض النووي ، والمزيد. يحتوي أيضًا على بيانات وصفية تجريبية.

يستخدم تنسيق الملف هذا على نطاق واسع في المعلوماتية الحيوية لتبادل إحداثيات البروتين. يحتوي على آلاف الأسطر التي تصف بنية البروتين. الآن ، إذا كنت ترغب في قراءة ملفات PDB أو عرضها على جهاز كمبيوتر يعمل بنظام Windows ، فأنت بحاجة إلى استخدام أداة مخصصة لجهة خارجية حيث لا يوجد تطبيق أصلي لذلك. في هذا المنشور ، سنناقش طرقًا مختلفة لعرض ملف PDB في نظام التشغيل Windows 11/10.

كيفية عرض ملف بنك بيانات البروتين (PDB) في نظام التشغيل Windows 11؟

هناك طريقتان لعرض ملف بنك بيانات البروتين (PDB) في نظام التشغيل Windows 11/10 ، وهما:

1. استخدم البرامج المجانية لعرض ملفات PDB.
2. جرب أداة مجانية على الإنترنت لقراءة ملفات PDB.

1] استخدم البرامج المجانية لعرض ملفات PDB.

يمكنك استخدام برنامج Windows تابع لجهة خارجية يسمح لك بفتح ملفات PDB وعرضها. هناك العديد من تطبيقات سطح المكتب المجانية المتاحة لنظام التشغيل Windows والتي يمكنك تجربتها. فيما يلي بعض الأشياء الجيدة التي يمكنك استخدامها:

• IQmol
• سويس- PdbViewer
• كومول
• جزيء
• RasMol

أ] IKmol

IQmol هو محرر جزيئي مجاني ومفتوح المصدر وبرنامج تصور لنظام التشغيل Windows 11/10. باستخدامه ، يمكنك عرض PDB بالإضافة إلى العديد من ملفات الجزيئات ثلاثية الأبعاد الأخرى مثل MOL و SMI و CUBE و XYZ وما إلى ذلك. في هذا البرنامج ، يمكنك العثور على جميع أدوات التصور الجزيئي المهمة. تتراوح هذه الأدوات من الأساسية إلى المتقدمة. بالإضافة إلى عرض ملف PDB ، يمكنك أيضًا تعديل البنية الجزيئية.

يسمح لك بفتح ملفات PDB متعددة في نفس الوقت وعرضها جميعًا في نفس الوقت. في لوحة Model View ، يمكنك تمكين أو تعطيل عرض ملف PDB واحد أو أكثر.

الخصائص الرئيسية لـ IQmol:

ميزات عارض ملفات PDB المجاني والمفتوح المصدر الذي يمكنك البحث فيه هي:

• يمكنك العثور على جميع أدوات تصفح الملفات القياسية ، بما في ذلك التكبير / التصغير (باستخدام عجلة الماوس) ، والتحريك ، والتدوير ، وملء الشاشة ، وإعادة العرض ، وإظهار المحاور ، وما إلى ذلك.
• يسمح لك بتخصيص مظهر النموذج عن طريق تحرير المعلمات مثل التظليل ، والإضاءة المحيطة ، والانتشار ، وقوة الضباب ، والإبرازات ، وكثافة الضوضاء ، ومعلمات POV-Ray ، إلخ.
• يمكنك أيضًا إضافة ملصقات ذرية مثل الكتلة الذرية والشحنة الجزئية والرنين المغناطيسي النووي وكثافة الدوران وما إلى ذلك.
• يتيح لك ذلك تخصيص إعدادات الكاميرا حسب رغبتك. يمكنك ضبط عرض الكاميرا وموضعها وما إلى ذلك.
• لديك مريحة دوران تلقائي وظيفة تسمح لك بتدوير النموذج الجزيئي تلقائيًا.
• يمكنك حفظ تمثيل بنية البروتين الحالية بتنسيق صورة مثل PNG و PPM و BMP و JPG و PS و EPS وما إلى ذلك.
• كما يسمح لك بتحويل PDB إلى ملفات جزيئية أخرى باستخدام ميزة 'حفظ باسم'. تنسيقات الإخراج المدعومة: XYZ ، MOL ، MOL2 ، CML ، إلخ.
• يمكنك أيضا استخدامه عملية حسابية وظائف لحساب طاقة التركيب الجزيئي ، القوى ، مسح PES ، حالة الانتقال ، التحولات الكيميائية ، الهندسة ، طاقة التحلل ، تصحيح BSSE ، وما إلى ذلك وهلم جرا.

بالإضافة إلى وظائف العرض ، تحصل على قائمة Build الخاصة بمجموعة من وظائف البناء الجزيئي. تتضمن هذه الميزات إضافة ذرات جديدة ، وإدخال جزيئات جديدة ، وتقليل البنية ، ووضع النظائر ، والمزيد.

هذا برنامج نمذجة جزيئية جيد حقًا يمكنك من خلاله تصور ملفات بنك بيانات البروتين على جهاز الكمبيوتر الخاص بك. إذا كنت ترغب في ذلك ، قم بتنزيله من هنا .

يرى: Chem4Word هي وظيفة إضافية للكيمياء لبرنامج Microsoft Word. .

ب] Swiss-PdbViewer

Swiss-PdbViewer هو عارض ملفات PDB مجاني خاص لنظام التشغيل Windows 11/10. يسمح لك بتصور وتحليل العديد من هياكل البروتين في وقت واحد. يمكنك تحليل بنية البروتين ، وهيكل الحمض النووي ، وما إلى ذلك الموجودة في ملف PDB. بصرف النظر عن ملف PDB ، فإنه يسمح لك أيضًا بفتح وعرض ملفات MOL و MMCIF.

عند فتح ملف PDB ، يتم عرض عرض ثلاثي الأبعاد على الواجهة مع نافذة لوحة التحكم. تحتوي لوحة التحكم على معلومات عامة وقائمة وعنوان ملف. يمكنك بسهولة تحريك الهيكل ، تدويره ، تكبير / تصغير ، إلخ.

كما يسمح لك بإظهار أو إخفاء السطح النقطي والقاعدة والروابط الهيدروجينية ومتجهات القوة والمزيد وفقًا لتفضيلاتك. يمكنك أيضًا تمييز أجزاء مختلفة بأنظمة ألوان مختلفة لتحليل الهيكل بشكل أفضل. بالإضافة إلى ذلك ، يمكنك استخدام ميزات العرض مثل Render in Solid 3D و Render POV و Display Labels والمزيد.

بالإضافة إلى أدوات التصور ، تحصل أيضًا على الكثير من ميزات النمذجة الجزيئية. بالإضافة إلى ذلك ، فإنه يتميز أيضًا بحساب الطاقة وحساب السندات H وتحليل المجال واكتشاف المجال وإنشاء النماذج ثلاثية الأبعاد وبناء التماثل البلوري وأدوات أخرى.

يمكنك تنزيله من موقع رسمي .

يقرأ: أفضل برنامج مجاني لتحليل الطاقة لنظام التشغيل Windows 11/10.

C] QMol

كومول هو عارض PDB مجاني آخر لنظام التشغيل Windows 11/10. إنها أداة تصور بنية الجزيئات التي يمكنك من خلالها عرض ملفات PDB. الملفات الأخرى التي يمكنك فتحها وعرضها هي DX و MAP و MTZ و CNS وما إلى ذلك.

يسمح لك بالتبديل بين عرض المنظور والعرض الهجائي ، وتدوير النموذج ، والتكبير / التصغير ، وما إلى ذلك. يمكنك عرض النموذج باستخدام POV-Ray وطرق عرض الرسوم المتحركة الخاصة به. يمكن حفظ الهيكل المقدم بتنسيق PNG. تتوفر أيضًا أداة قياس تتيح لك قياس المسافة والزاوية والتواء في النموذج.

يمكنك أيضًا العثور على بعض الأدوات الإضافية لتحليل بنية البروتين بشكل أكبر. وتشمل هذه الأدوات التراكب الجزيئي ، قاطع سطح مول ، توليد سطح مول ، محرر رابطة مول ، تحليل التفاعل ، رسوم متحركة مورف ، وما إلى ذلك وهلم جرا.

إنه برنامج جيد لتصور وتحليل بنية البروتين الموجودة في ملفات PDB.

يرى: .LIT option # كيفية تحويل LIT إلى EPUB أو MOBI على Windows؟

شاشة زرقاء بعد النوم windows 10

د] الجزيئات

برنامج عارض PDB التالي في هذه القائمة هو Molekel. هذا برنامج تصور جزيئي قديم إلى حد ما ولكنه قوي يسمح لك بفتح ملفات PDB وعرضها. يمكنك العثور على العديد من أدوات التحليل والتصور الجزيئي التي تسمح لك بتحليل هياكل البروتين.

يسمح لك بتخصيص عرض الجزيئات والذرات والروابط والمخلفات وما إلى ذلك. يمكنك اختيار أنواع عرض مختلفة لكل منها ، مثل Ball & Stick و CPK و Hemisphere و SoSphere و Full Sphere و Cylinder و SoCylinder و Semicylinder و سلك ، عصا ، شريط خطي ، إلخ. بالإضافة إلى ذلك ، يمكنك ضبط خصائص العرض ثلاثي الأبعاد ، وإظهار / إخفاء المربعات المحيطة ، واستخدام التظليل ، وما إلى ذلك. يتيح لك عرض ملف PDB عن طريق تغيير كثافة الإلكترون لسطح الهيكل وإضافة السطح المتاح للمذيب ، إلى الهيكل.

باستطاعتك العثور الرسوم المتحركة وظيفة فيه لتشغيل الرسوم المتحركة لهيكل الجزيء. كما أن لديها قائمة 'تحليل' خاصة مع الأدوات المناسبة. باستخدام أدوات التحليل ، يمكنك تحديد بيانات الشبكة ، وكثافة الدوران ، والإمكانات الكهروستاتيكية الجزيئية ، وطيف الانبعاث ، والمسافة ، والزاوية ، والمزيد بالنسبة للهيكل.

كما يسمح لك بتحويل ملفات PDB إلى تنسيقات ملفات مختلفة. تتضمن هذه التنسيقات PDF و PS و EPS و Image. إذا أعجبك يمكنك الحصول عليه هنا .

يقرأ: يعد تطبيق Complete Anatomy بمثابة تنزيل مفيد لنظام التشغيل Windows. .

هـ] رسمول

يمكنك أيضًا استخدام RasMol لعرض ملفات PDB على Windows 11/10. إنه برنامج مجاني ومفتوح المصدر يسمح لك بتصور وتحليل الهياكل الجزيئية. كما أنه يدعم فتح وعرض ملفات أخرى مثل MOL و XYZ و CIF و MOPAC وما إلى ذلك.

يسمح لك بمشاهدة الهيكل كإطار ، وسداء ، وقضبان ، وشرائط ، وخيوط ، وما إلى ذلك. يمكنك أيضًا إبراز أجزاء مختلفة من الهيكل بألوان مختلفة. كما يسمح لك بإظهار أو إخفاء ذرات الهيدروجين والذرات غير المتجانسة والظلال والملصقات وما إلى ذلك وفقًا لتفضيلاتك. يمكنك أيضًا قياس المسافة والالتواء والزاوية والقيم الأخرى في الهيكل.

هذا البرنامج متاح هنا .

يرى: أفضل برنامج مجاني لتشريح الإنسان ثلاثي الأبعاد لنظام التشغيل Windows.

2] جرب أداة مجانية على الإنترنت لقراءة ملفات PDB.

يمكنك أيضًا استخدام أداة مجانية عبر الإنترنت لفتح ملفات PDB وعرضها. كل ما عليك فعله هو فتح موقع الويب في متصفح الويب وتنزيل ملف PDB لمشاهدته. في ما يلي بعض عارضي PDB المجانيين عبر الإنترنت الذين يمكنك تجربتهم:

• RCSB PDB
• مولسوفت

أ] RCSB PDB

تعذر على windows بدء خدمة نهج التشخيص

يمكنك استخدام هذه الأداة المجانية عبر الإنترنت المسماة RCSB PDB لتصور ملفات بنك بيانات البروتين. يسمح لك باستيراد ملف PDB ثم تصور وتحليل هيكله الجزيئي.

يمكنك العثور على بعض ميزات التصور الأساسية مثل التكبير / التصغير ، التدوير ، تبديل عرض المنفذ المتقدم ، إعادة تعيين الكاميرا ، تبديل وضع التحديد ، إلخ. كما يسمح لك بضبط بعض الإعدادات أو خيارات التحكم مثل وضع الكاميرا (منظور أو عمودي) ، لون الخلفية ، تشغيل /عن. تعطيل الإغلاق ، وتمكين / تعطيل الضباب ، والقصاص ، والموقع ، وما إلى ذلك.

لأنه يأتي مع تحريك وظيفة. باستخدام هذا ، يمكنك تدوير بنية البروتين تلقائيًا. باستخدام هذا ، يمكنك ضبط سرعة الدوران وزاوية. يمكنك أيضًا الحصول على ملف قياس أداة فيه. باستخدام هذه الأداة ، يمكنك معرفة قيم متعددة مثل المسافة والاتجاه والزاوية والمزيد.

بالإضافة إلى هذه الميزات ، تتوفر العديد من الأدوات المفيدة الأخرى: البحث عن الأشكال الهيكلية ، وإضافة المكونات ، وتصدير الرسوم المتحركة ، وتصدير الأشكال الهندسية (STL ، و OBJ ، وما إلى ذلك) وتصدير النماذج.

الكل في الكل ، هذا عارض PDB مجاني جيد حقًا عبر الإنترنت مع مجموعة رائعة من أدوات التصور. يمكنك المحاولة هنا .

ب] مولسوفت

تعد Molsoft أداة أخرى عبر الإنترنت يمكن استخدامها لتصور هياكل PDB. هذا عارض ملف PDB بسيط مع ميزات أساسية. أولا ، افتحه موقع إلكتروني وانقر على خيار القائمة ثلاثي المسارات. بعد ذلك ، حدد خيار 'فتح' لاستيراد ملف PDB محفوظ محليًا أو تحميل ملف من Google Drive. عند تحديد ملف ، سيُظهر لك التركيب الجزيئي في العارض.

يمكنك استخدام أوضاع عرض مختلفة لتصور الهيكل. تتضمن هذه المشاهدات إطارًا سلكيًا وكرياتين فسفوكيناز (CPK) وكرة وقضيب وشريط وغير ذلك. يمكنك التبديل بسهولة بين أوضاع العرض هذه لتناسب متطلباتك. بالإضافة إلى ذلك ، يسمح لك بتمكين أو تعطيل تسميات الذرة ، وعلامات المخلفات ، والروابط الهيدروجينية ، والمواقع من أجل فهم أفضل للهيكل.

كما يوفر أدوات القياس. يمكنك قياس المسافة والزاوية المسطحة وزاوية الالتواء في النموذج. بالإضافة إلى ذلك ، يتوفر اللون حسب الوظيفة ، والذي يسمح لك بتلوين الهيكل حسب نوع الذرة ، السلسلة ، المحاذاة ، الهيكل الثانوي ، إلخ.

هذا عارض ملفات PDB جيد آخر على الإنترنت يمكنك تجربته مجانًا.

كيفية تنزيل ملف PDB من بنك بيانات البروتين؟

لتنزيل ملف PDB من بنك بيانات البروتين ، يمكنك زيارة موقع بنك بيانات البروتين ، وإدخال اسم البروتين أو الجزيء الكبير والبحث عنه ، مثل الهيموجلوبين البشري ، والكيتيناز ، وما إلى ذلك ، ثم حدد الملف من نتائج البحث و استخدم خيار التنزيل لتنزيل ملف PDB. بهذه البساطة.

كيف يتم عرض هياكل PDB؟

يمكن عرض الهياكل الجزيئية لـ PDB باستخدام أداة مخصصة عبر الإنترنت أو تطبيق برمجي. يمكنك تجربة برامج مجانية مثل IQmol و Swiss-PdbViewer و CueMol لتصور وتحليل هياكل PDB على جهاز الكمبيوتر الخاص بك. إذا كنت تفضل استخدام أداة عبر الإنترنت ، فهناك العديد من الخيارات. على سبيل المثال ، جرب خدمات الويب مثل RCSB PDB و Molsoft. هؤلاء هم عارضات ملفات PDB مجانية عبر الإنترنت توفر أدوات تحليل وتصور جزيئي متقدمة.

كيفية تحويل ملف PDB إلى PDF؟

لتحويل ملف PDB إلى PDF ، يمكنك استخدام تطبيق سطح المكتب المجاني هذا المسمى Molekel. يوفر خيارًا خاصًا 'حفظ إلى PDF' يسمح لك بتحويل ملف PDB إلى تنسيق PDF. يمكنك فتح ملف PDB ثم النقر فوق 'ملف'> 'حفظ إلى PDF' لتحويل PDB إلى PDF. لقد ناقشنا هذا البرنامج بالتفصيل في هذا المنشور ، تحقق منه أعلاه.

هذا كل شئ.

اقرأ الآن: أفضل برامج النمذجة الجزيئية المجانية لنظام التشغيل Windows.